Zabalaga es licenciado en Economía por la Universidad de Ginebra y obtuvo una maestría en Estudios de Desarrollo en 1977 del Instituto de Altos Estudios Internacionales y del Desarrollo.[3][4] Posteriormente, obtuvo otras dos maestrías: en Ciencias Sociales y en Banca (Gerencia de Banca Corporativa), ambas cursadas en Bolivia.
Ha trabajado y asesorado en Bolivia, Perú, Colombia, Brasil, Panamá, Honduras, Nicaragua, México, España y Suiza, en áreas como educación, vivienda social, microfinanzas, fondos de pensiones y regulación financiera.[5]
Antes de incorporarse al banco central, dirigió diversas empresas, entre ellas la fundación FADES (Fundación para Alternativas en el Desarrollo), FINRURAL (Asociación de Instituciones Financieras para el Desarrollo Rural), los fondos de pensiones AFP Futuro en Bolivia, Colfondos en Colombia y Siembra en Argentina. Ha dirigido FOLADE (Fondo Latinoamericano de Desarrollo) en Costa Rica, PRODEL (Programa de Desarrollo Local) en Nicaragua y la Asociación pro Banca Ética y Argentaria International en España.[5]
En 2007, fue nombrado supervisor de los bancos e instituciones financieras de Bolivia, hoy conocida como la Autoridad del Sistema Financiero (ASFI). Ocupó este cargo hasta 2009.
Fue nombrado por Evo Morales en noviembre de 2010 tras la renuncia de su predecesor, Bajo su liderazgo, el BCB implementó políticas que aumentaron el porcentaje de depósitos y préstamos bancarios en moneda nacional, fortaleciendo la soberanía monetaria de Bolivia Denominada la "Bolivianización de la economia".[6] mantuvo políticas de desdolarización de la economía e integración económica regional.[7] En noviembre de 2011 se deicidio implementar un tipo de cambio fijo frente al dólar respaldado por unas reservas internacionales altas.[8]
Durante su mandato se licito el diseño de los nuevos billetes de boliviano. que mantenían sus diseños desde su introducción en 1986 tras la hiperinflación que saco de circulación al peso boliviano.[9]
En 2014, Marcelo Zabalaga firmó un controvertido proyecto de ley para prohibir las criptomonedas en Bolivia.[10] Tras la controversia generada por la decisión, se presentaron recursos legales para su reconsideración, alegando que las políticas draconianas y retrógradas habían llevado a Bolivia a quedarse atrás de sus pares en el ámbito de la cadena de bloques.[11]