Ayoroa fue nombrado alcalde de la Santa Hermandad de la ciudad La Paz en 1802. El virrey del Río de la Plata, Joaquín del Pino, lo nombró subteniente de la 4ª compañía de fusileros, unidad de nueva creación el 22 de diciembre de 1802, que fue aprobada por el rey Carlos IV el 10 de agosto de 1804. Cuando el concejal José de Montenegro renunció a su cargo, se presentaron dos candidatos: Joaquín Sánchez de Velasco, quien ofreció 700 pesos en cuotas, y Ayoroa, quien ofreció el monto completo.
La junta de subasta se reunió el 16 de julio de 1802, bajo las puertas del Ayuntamiento, integrada por el gobernador Antonio Burgunyo, el consejero Tadeo Fernández Dávila, y los funcionarios de hacienda real José García y Mesa, tesorero interino; Toribio Cano, el contador; y el abogado Justo Puertas. Luego de las tres proclamaciones legales realizadas por Manuel Mamani y sin que se presentaran otros postores, el puesto fue adjudicado a Ayoroa. El asunto fue llevado al virrey Pino, quien lo aprobó el 16 de diciembre de 1802, nombrando a Ayoroa concejal con todos los privilegios, con el pago de 20 pesos. Su nombramiento fue confirmado por el rey Fernando VII el 7 de diciembre de 1810.[4]
La sesión del Ayuntamiento del 1 de enero de 1809 fue muy tumultuosa, como lo había sido el año anterior. Ayoroa y los demás concejales se opusieron fuertemente al Gobernador, más bien con intención de vejarlo. El Gobernador pidió la opinión de su asesor Teviera y, basándose en su consejo, se procedió a la elección.[5]
En julio estalló la revolución en la ciudad, Ayoroa estaba en sus haciendas de los Yungas y, citado por la Junta Tuitiva, regresó a mediados de agosto. La junta se disolvió cuando se vio amenazada por el ejército de José Manuel de Goyeneche, se la reemplazó con el Cabildo del cual Ayoroa formó parte como regidor.[6] El Cabildo controló la ciudad entre septiembre y octubre de ese año.[7]
Cuando la revolución fue derrotada a finales de octubre, Ayoroa afirmó que se oponía a Pedro Domingo Murillo en todos los aspectos. Sin embargo, Ayoroa todavía estaba amenazado con la horca. Para demostrar su lealtad al Rey, presentó una declaración jurada de varios testigos.[8][9] Tras la derrota de los patriotas en la Batalla de Huaqui y con la ciudad amenazada, mandó construir a sus expensas una muralla detrás del convento de San Agustín y reparó las trincheras de Las Recogidas y La Riverilla.[10] En 1816 realizó un aporte de 800 pesos al gobernador Mariano Ricafort.[11]
