Chaudoir nació en Ivnytsia, a unos 30 kilómetros de Zhytomyr, en el Imperio ruso. Su familia podría descender de emigrantes protestantes franceses o belgas que huyeron en 1685. Sus raíces más recientes se remontan a Antoine de Chaudoire, de Polonia, cuyo hijo trabajó en la corte de Estanislao Augusto Poniatowski hasta su abdicación en 1795. Posteriormente, se trasladó a Baviera, donde recibió el título hereditario de barón de manos de Maximiliano José II en 1814. Su hijo, Stanislav (1790-1858), se casó con Aglae d'Erggelet y Maximilien fue su único hijo. Stanislav fue un acaudalado coleccionista que donó sus libros y objetos de colección al Museo del Hermitage. Maximilien fue criado por su tía, ya que su madre falleció poco después de su nacimiento. Jean Wavre, un tutor privado, le introdujo en la historia natural y la entomología. Comenzó a coleccionar escarabajos carábidos en 1826. Fue enviado a estudiar derecho a Tartu (Dorpat), aunque no le interesaba la ley, sabía que J.F. Eschscholtz impartía zoología allí. Eschscholtz falleció pocas semanas antes de que se incorporara a la universidad, y Chaudoir comenzó a trabajar en sus colecciones en el museo. Animado por el conde Gustave de Mannerheim, en 1834 viajó por Alemania y conoció a Louis Chevrolat en Hamburgo. Se unió a la Sociedad Entomológica de Francia en 1834, y posteriormente se trasladó a Kiev, donde ingresó en la Sociedad Imperial de Naturalistas de Moscú en 1837. En 1845, Chaudoir visitó Crimea y se interesó por la región del Cáucaso. En 1847 se convirtió en miembro de la Asociación Entomológica de Stettin. En 1848 adquirió la colección Faldermann, seguida de otra colección de escarabajos del Himalaya del capitán W. E. Boys en 1850 y, posteriormente, la colección de Gory en 1852.[2]
Se casó con Elisabeth-Augusta Bockshanine el 28 de febrero de 1856. Tuvieron una hija y un hijo. Su hija Marie falleció en 1879 a los 22 años a causa de tuberculosis. Chaudoir murió de un derrame cerebral el 6 de mayo de 1881 y fue enterrado junto a su hija en la cripta familiar de Amélie-Bains-Palalda. Su esposa falleció en 1896 en Zhytomyr y su hijo murió sin descendencia en 1919. Antes de su muerte, puso su colección a disposición de René Oberthür a través de su amigo Charles Oberthür. Esta colección finalmente pasó a formar parte del Museo Nacional de Historia Natural de Francia en París.[2]
