Nació en la Antigua Guatemala, hijo de Francisco Pontaza y María Iriondo, que cedieron su educación y crianza al maestro Rafael Castellanos cuando tenía cuatro años. Castellanos era maestro de capilla de la Catedral de San José en la misma ciudad desde 1765 y sería el que se encargó de enseñar música a Miguel. Con diez años ya formaba parte del coro de la capilla de música catedralicia como tiple.[2] Pronto fue conocido por su bonita voz y su talento para tocar la guitarra. En 1760, en honor de la jura del príncipe Carlos, participó en el sainete representado durante las celebraciones como actor y cantante.[3]
Tras el traslado de la catedral a la nueva Ciudad de Guatemala en 1779, continuó su trabajo en la capilla de música, lo que se documenta en 1783, cuando aparece como cantor tiple, tocando ocasionalmente el tenorete. Además ejerció de suplente durante las ausencias o enfermedades del maestro Castellanos.[2][1]
Pontaza dirigió su propia escuela en la que mantenía, vestía y enseñaba música y canto a muchachos que posteriormente ejercían de suplentes en la Catedral. También ayudó a los músicos de la catedral a alcanzar el grado de oficiales, como fue el caso para Manuel Trujillo (organista), Agustín Granados (bajonero) y Francisco Méndez (violinista). Quizás sus alumnos más conocidos fueran Miguel Gómez, que posteriormente sería maestro de capilla en Mixco, y Antonio Díaz, que posteriormente sería maestro de capilla de San Juan Sacatepéquez. Además, durante cuatro años enseñó canto en el Colegio Seminario.[2]
El maestro Rafael Castellanos fallecía en 1791, habiendo nombrado a Pontaza como albacea. Le dejó todos sus papeles de música, la casa y el cuidado de su hermana, de lo que Pontaza se encargó con celo. Con el apoyo de la mayoría de los músicos, Pontaza fue nombrado inicialmente para ejercer las funciones del fallecido maestro. Otros dos candidatos se interesaron por el cargo, Pedro Nolasco Estrada y José Patricio Hernández, pero el cabildo rechazó a ambos. El 17 de julio de 1992 el cabildo nombró Pontaza maestro interino de forma oficial.[2]
Cinco años más tarde, la capilla de música se hallaba dividida en des facciones, una a favor de Pontaza y otra a favor de Nolasco.[2] Pontaza se defendió señalando sus 35 años de servicio a la Catedral, su trabajo durante todos esos años y el rescate del archivo de música durante el terremoto de Santa María, para lo que arriesgó su vida.[4] Los favorables a Nolasco presentaron testimonios a su favor, reconociendo su virtuosismo con el violín y su habilidad como cantante. Finalmente saldría ganador Nolasco gracias a intrigas, que inclinaron la balanza a su favor, siendo nombrado maestro de capilla de forma oficial el 3 de octubre de 1797.[5]
Por recomendación de su hermano, el presbítero José Manuel Pontaza, se trasladó a Santa Rosa, donde enseñó en la escuela de música y dirigió la capilla de música de la iglesia parroquial. Tras varios años en la ciudad tuvo que trasladarse por razones de salud, yendo a San Martín Jilotepeque. Allí compuso el villancico Las campanillas. De nuevo enfermo, regresó a Nueva Guatemala de la Asuncion, donde fallecía el 22 de enero de 1807.[3][2]