Establecido por primera vez por el gobierno de Amintore Fanfani, el cargo de ministro de Coordinación de Iniciativas para la Investigación Científica y Tecnológica fue ocupado inicialmente por Guido Corbellini.
El ministerio en sí se estableció con la ley del 9 de mayo de 1989, n. 168. El Decreto Legislativo Nº 300, de 30 de julio de 1999, reunió al entonces Ministerio de Universidades e Investigación Científica y Tecnológica con el Ministerio de Educación. Ya durante el gobierno de Romano Prodi, fue gobernado por el mismo ministro, en vista de la unificación decidida recién en 1999, y asumiendo así el nombre de Ministerio de Educación Pública, Universidad, Investigación Científica y Tecnológica, conocido por el acrónimo de MURST.
Con la nueva legislatura, en 2001, según lo decidido en el Decreto Legislativo nº 300/1999, se produjo la fusión, y el gobierno de Silvio Berlusconi en 2001 implementó esta disposición: nació el Ministerio de Educación, Universidad e Investigación, conocido por el acrónimo MIUR. Con el segundo gobierno de Prodi, en 2006, el MIUR volvió a ser dividido: por un lado, el Ministerio de Educación; por otro, el Ministerio de Universidad e Investigación. El presupuesto de 2008 preveía el retorno a la antigua reforma Bassanini y, por lo tanto, la unificación de los dos ministerios. Con el cuarto gobierno de Berlusconi, por lo tanto, se implementó esta disposición, restableciendo el Ministerio de Educación, Universidad e Investigación. El 28 de diciembre de 2019, el presidente del Consejo de Ministros, Giuseppe Conte, anunció la escisión del Ministerio de Educación, Universidad e Investigación y la reconstitución del Ministerio de Universidades e Investigación a partir de 2020. El Ministerio se reconstituye mediante el Decreto-Ley n.º 1 de 9 de enero de 2020, convertido en Ley n.º 12 de 5 de marzo de 2020.
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