Fue creado en 1969 a partir de las colecciones reunidas por Pío Pablo Díaz desde años antes. La primera exposición se realizó en 1969.[1]
El inmueble que es la sede actual del museo fue adquirido en 1971.[2] Se trata de un edificio construido a fines del siglo XIX como vivienda familiar. La construcción se desarrolló con las técnicas y materiales propios de la zona (adobe, techos de cañizo, solados cerámicos, etc.) y con diseño típico de galerías y patio central abierto característico de la arquitectura neocolonial. El frente presenta la variable de una serie de arcos ojivales que generan la galería cubierta donde se encuentra el acceso,[3] a diferencia del patio interior que está rodeado por una galería de arcos de medio punto. El edificio forma parte del casco histórico de la localidad.[4]
En 1972 su director Pío Pablo Díaz, con la colaboración de los doctores Myriam Tarragó y Víctor Núñez Regueiro, realizaron la primera organización sistemática de la exhibición.[1]
Díaz dirigió el museo hasta 1993. Durante ese período se realizaron trabajos de exploración en sitios cercanos, como Campo Colorado, Las Pailas, Guitián, La Paya y el descubrimiento del yacimiento Puente del Diablo en La Poma.[5] El museo quedó a cargo del cuidado y preservación de todos los yacimientos arqueológicos de la región.[2]
Desde su creación, el museo estableció un vínculo dinámico y fluido con la comunidad de Cachi y las pequeñas localidades cercanas, promoviendo la participación e intercambio con las instituciones educativas y las escuelas de la zona.[5] Constituye además un atractivo para los turistas que visitan la localidad. En el año 2015, algo menos de 30 000 turistas recorrieron sus salas.[6]
El museo obtuvo el Premio Iberoamericano de Educación y Museos por el proyecto "Arqueologías de la Memoria" a realizarse durante 2018, que tiene como objetivo reforzar la vinculación de los espacios académicos y los investigadores con el conjunto de la comunidad.[7]
Desde diciembre del 2023, la dirección del museo está a cargo de la antropóloga Ana Paula Cevidanes.
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