Este museo contiene una colección de objetos procedentes de las excavaciones de la isla, así como de antiguos edificios públicos. Entre las esculturas y mosaicos que alberga, destacan una cabeza de Hera del siglo II a. C., una estela funeraria con representación de leones, otra estela funeraria donde se representa una escena de un simposio, una estatua de un atleta del siglo III a. C., una cabeza de Alejandro, un torso masculino, una gran estatua que podría representar a Hipócrates, las estatuas de Deméter, Perséfone y Atenea del periodo helenístico procedentes de un santuario, varias estatuas de divinidades de época romana, un mosaico con la representación de la llegada de Asclepio a la isla y otro mosaico donde se representa el fondo del mar.
También se conservan piezas de cerámica que abarcan periodos comprendidos entre el neolítico y la época romana, y que incluyen piezas minoicas, micénicas y otras de fabricación local procedentes del yacimiento de la Edad del Bronce de Seraglio. Otros hallazgos arqueológicos presentes en el museo son objetos de la vida cotidiana —utensilios de cocina, de aseo, vestimenta, decoración, juguetes— y otros que ilustran las costumbres funerarias. Singulares son unas bolas de pigmento azul que fueron encontradas en el ágora.[4][5]