El Museo de Antigüedades de Vilna, fundado por Eustachy Tyszkiewicz en 1855, fue el predecesor del Museo Nacional. En su origen, el museo se centraba en la cultura e historia del Gran Ducado de Lituania. Compuesto mayoritariamente de colecciones privadas polacas, fue bastante popular y recibió muchos visitantes. Después del Levantamiento de enero de 1863, el Imperio ruso trasladó gran parte de la colección a Moscú; las colecciones restantes se reorganizaron y se incorporaron a la Biblioteca Pública de Vilna. Entre 1866 y 1914, el museo y la biblioteca operaron juntos. En 1915, cuando el Frente Oriental de la Primera Guerra Mundial se acercó a Vilna, más colecciones se trasladaron de nuevo a Rusia.[1]
Tras el establecimiento de la independencia lituana en 1918, se fundó el Museo de Historia y Etnografía, basado en las colecciones en el Museo de Antigüedades y la Sociedad Científica Lituana. Su director fue Jonas Basanavičius, uno de los firmantes del Acto de Independencia de Lituania. Tras 1919, Vilna se incorporó a Polonia, y la organización se integró a la Universidad de Vilna.[1]
En 1941, la Academia de Ciencias adquirió las colecciones de todos los museos en Vilna. El museo volvió a convertirse en una entidad independiente en 1952 bajo la dirección del historiador Vincas Žilėnas. En 1967, el museo se estableció en el nuevo arsenal del complejo de castillos de Vilna.[1]
El museo acogió una importante exposición en 1968. Durante las décadas de 1970 y 1980, se reunieron materiales históricos provenientes de todo el país. En 1992, después de que Lituania restableciera su independencia, se le renombró como Museo Nacional de Lituania. Actualmente forma parte del Ministerio de Cultura.[1]
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