Esta especie se comparó con Nepenthes viridis, con la que presenta mayor similitud morfológica.[1][2] Sin embargo, Nepenthes higaonon se diferencia de N. viridis en que su unión entre la hoja y el tallo es no decurrente, con la lámina con tres nervaduras a cada lado de la nervadura central y un ápice redondeado, mientras que en esta última la unión entre la hoja y el tallo es decurrente, con una o dos nervaduras a cada lado de la nervadura central y un ápice agudo.[1][2]
Las cántaras de N. higaonon son monomórficas: las aéreas son cilíndricas en el tercio superior y la tapa es aplanada, ovalada y con un ángulo de 90° que expone la abertura, a diferencia de N. viridis, que presenta cántaras dimórficas, aéreas infundibulares en el tercio superior y con la tapa abovedada, ovalada a cordada, con un ángulo de hasta 60° que cubre parcialmente la abertura.[1][2] Otras características notables de la especie son la depresión poco profunda en el peristoma anterior de la aérea (elevada en N. viridis), la inflorescencia monofloral (en comparación con la biflora) y los tallos trepadores largos de hasta 10 metros (en comparación con los de hasta 4 metros).[1][2]
El epíteto específico deriva del pueblo Higaonon, el grupo cultural indígena del sitio.[1][3]
