Este animal es conocido por fósiles muy incompletos, incluyendo parte de la dentición superior e inferior, por lo que no es posible reconstruir su apariencia en detalle. A partir de la comparación con animales más conocidos, como Rhynchippus, es posible suponer que Notohippus era un animal con un cuerpo relativamente robusto, con un hocico corto y patas de tres dedos. Comparado con otros animales similares de edad similar, como Argyrohippus, Notohippus estaba dotado de una dentición discontinua, el canino superior y el primer premolar inferior estaban ausentes y las series del segundo y tercer premolar superior e inferior eran más cortas. Además la corona dental del primer incisivo superior estaba muy curvada, y los molares superiores tenían pliegues en el parastilo y el paracónido menos desarrollados, y un ectolofo menos ondulado. El canino inferior tenía forma de incisivo, y los molares inferiores tenían un ángulo posterolabial del talónido más redondeado y una entrada del trígono más estrecha.[1]
