Nova Prospekt parece estar separada en dos secciones (vieja, y nueva) ilustradas respectivamente en los dos niveles del juego “Nova Prospekt” y “Afieltrado”.
La vieja sección del edificio tiene elementos de una prisión de máxima seguridad, estilo Alcatraz, llena de cámaras de confinamiento abiertas (inútiles a La Alianza), bloques de celdas etiquetadas, puntos de control, oficinas, y grandes instalaciones de duchas y mantenimiento. La Alianza parece haber hecho poco uso de esta área en particular, pues han mudado todas sus instalaciones y procesos relacionados con la nueva sección del gran complejo. Esta sección exhibe muchas muestras de deterioro y abandono, por ejemplo los techos que se desmoronan y los enormes agujeros cavados en el suelo por los Antlions. Al estar infestada por vida salvaje de Xen, como Barnacles, Headcrabs y Zombis, se demuestra el hecho de que La Alianza dejó de darle utilidad a esta sección.
La nueva sección de Nova Prospekt contiene las instalaciones de proceso utilizadas por La Alianza para convertir prisioneros de guerra en soldados de La Alianza.
La arquitectura de esta sección es un ejemplo del desarrollo de la tecnología de La Alianza, visto en la escena final de “Nova Prospekt” y en Ciudad 17 más adelante en el juego. Esta tecnología en su etapa de predesarrollo es una pared masiva de barras, cables, y maquinaria clasificados aleatoriamente. La colocación al azar de cualquier parte de la estructura, trabajando con cada parte de esta (cada una con su propia función variable), permite obtener millones de permutaciones de disposición que, según un programa especificado, podrá transformarse en lo que sea y construirá cualquier tipo de instalación de La Alianza. Este modo de construcción automatizada permite a La Alianza tomar posesión de cualquier área particular. Este desarrollo se muestra en la escena final de “Nova Prospekt” cuando el jugador pasa sobre una parte absolutamente arruinada de las viejas instalaciones, limitando en todos los lados por esta pared de maquinaria aleatoria. Mientras que el jugador avanza en este raro valle de destrucción, las paredes comienzan a cambiar lentamente su posición y destruyen aún más la vieja instalación, lo cual es específico a su plan. Poco después esta escena el jugador entra en la estación del tren de Nueva Nova Prospekt.
En Nova Prospekt, se vuelve claro para el jugador el hecho de que la Alianza ha comenzado a perder dominio sobre el lugar poco a poco. Varias pistas refuerzan este pensamiento, como por ejemplo estructuras dañadas, alta seguridad en el lugar (torretas, campos de fuerza, etc), la presencia de zombis y varios signos Lambda en las paredes, indicando la presencia de rebeldes.
Nova Prospekt es un nivel clave para la trama del juego. En los niveles anteriores, la Alianza estaba todavía al mando, y Gordon era perseguido. Luego del nivel de "Nova Prospekt", la situación cambia drásticamente. Gordon deja de huir y enfrenta a la Alianza, junto con la propia destrucción de Nova Prospekt, se inicia el levantamiento de la Resistencia, como es visto en los niveles que siguen, como en "Anticiudadano Uno" o "¡Seguid a Freeman!"
