El 30 de agosto de 1987, fue detenida y desaparecida por militares de la XX Brigada del Ejército Nacional en el barrio Casablanca de Bogotá. Luego, fue trasladada a la vereda Quebrada Blanca en Guayabetal (Cundinamarca), donde fue detenida, agredida y violentada sexualmente. Su cuerpo fue encontrado trece días después en la vía Bogotá-Villavicencio, en estado de descomposición. Su familia luchó por conocer su paradero durante tres años,[5][6] y en el proceso fue amenazada y obligada a exiliarse.
En 1991, el sargento Bernardo Alfonso Garzón, perteneciente al Batallón de Inteligencia y Contrainteligencia Charry Solano de la Brigada XX, aceptó la participación de su unidad en la desaparición de Bautista, bajo la aprobación y dirección del coronel Álvaro Velandia Hurtado, vinculado a grupos paramilitares como el Muerte a Secuestradores (MAS), sindicado hasta septiembre de 1995, año en que fue condecorado. Para 1997, fue destituido, y en 2006 el proceso penal fue precluido. En 2009, fue nuevamente destituido.[7] En 2011, fue cancelada su destitución, logrando su reintegro, y en 2012, el Consejo de Estado revocó su reintegro. En 2017, la Corte Suprema de Justicia admitió una demanda para reabrir la investigación de su caso.[8][9] También han sido señalados por su desaparición los suboficiales Julio Roberto Ortega Araque, Luis Guillermo Hernández González y Mauricio Angarita.[10] Su crimen se mantiene en la impunidad.[11][12][13][14]
En 1997, fue creada por su familia la Fundación Nydia Erika Bautista.[15][16][17][18]
