Después de la llegada de las tropas del 18.º Ejército, las organizaciones Omakaitse quedaron subordinadas a los comandantes de campo locales de la Wehrmacht. Esto sucedió en Pärnu el 10 de julio, en Tartu el 11 de julio, en Valga el 12 de julio y en Võru el 14 de julio.[4] Las unidades Omakaitse se disolvieron el 29 de julio de 1941 por orden del Grupo de Ejércitos Norte de Alemania.[8] De forma voluntaria, las formaciones fueron convocadas una vez más el 2 de agosto de 1941 bajo el nombre del estonio Omakaitse. La organización Omakaitse de Tallin se formó el 28 de agosto y más tarde en la isla Saaremaa. Los miembros fueron seleccionados inicialmente de los círculos de amigos más cercanos. Más tarde, se pidió a los miembros candidatos que firmaran una declaración de que no eran miembros de una organización comunista. El Omakaitse de Estonia se basó en las antiguas regulaciones de la Liga de Defensa de Estonia y el Ejército de Estonia, en la medida en que eran consistentes con las leyes de ocupación alemana. Las tareas del Omakaitse fueron las siguientes:
- defensa de la costa y las fronteras;
- lucha contra paracaidistas, sabotaje y espionaje;
- guardando objetos militarmente importantes;
- lucha contra el comunismo;
- asistencia a la Policía Auxiliar de Estonia y garantía de la seguridad general de los ciudadanos;
- Brindar asistencia en caso de accidentes a gran escala (incendios, inundaciones, enfermedades, etc.);
- proporcionando entrenamiento militar para sus miembros y otros ciudadanos leales;
- profundizando y preservando los sentimientos patrióticos y nacionales de los ciudadanos.[8]
El 15 de julio, el Omakaitse tenía 10.200 miembros, el 1 de diciembre de 1941, 40.599 miembros. Hasta las movilizaciones de febrero de 1944, la membresía era de aproximadamente 40.000.[8] Aproximadamente 1.000-1.200 hombres de Omakaitse (2.5-3%) estuvieron directamente involucrados en actos criminales, participando en la redada, custodia o asesinato de 400-1000 romaníes y 6000 judíos en los campos de concentración de la región de Pskov en Rusia. y los campamentos de Jägala, Vaivara, Klooga y Lagedi en Estonia.[9][10] Protegidos, entre otros, por el pequeño porcentaje de Omakaitse, 15.000 prisioneros de guerra soviéticos murieron en Estonia, algunos de ellos por negligencia y maltrato y otros ejecutados.
El Omakaitse de Estonia siguió siendo una organización voluntaria de defensa territorial hasta el 2 de octubre de 1943, cuando el gobierno títere de Estonia ('Autoadministración') emitió un reglamento con respecto a llamar a la población masculina al Servicio de la Guardia Nacional. Se hizo obligatorio para los hombres de 17 a 45 años convertirse en miembros de la Omakaitse. La regulación del 29 de enero de 1944 hizo que la membresía en el Omakaitse fuera obligatoria para los hombres de entre 17 y 60 años y no se vean afectados por la movilización general. Los batallones de combate consistían en hombres que, por razones de salud o para su edad, no fueron movilizados a las Fuerzas Armadas alemanas. La mayoría de los hombres vestían ropa civil, pero estaban obligados a usar brazaletes con distintivos distintivos. Su entrenamiento fue incompleto y estaban armados con viejos fusiles británicos, alemanes y rusos y ametralladoras ligeras y pesadas de la Primera Guerra Mundial Por lo tanto, los batallones territoriales de Omakaitse se desplegaron en las tareas de guardacostas del lago Peipus y en sectores insignificantes del frente. Sin embargo, en defensa de la línea del río Väike Emajõgi contra la ofensiva soviética de Tartu en agosto-septiembre y la ofensiva de Riga en septiembre de 1944, algunos de los batallones se involucraron en serias operaciones de combate. Cuando el Grupo de Ejércitos Norte comenzó a retirarse de Estonia continental, la mayoría de los miembros de Omakaitse regresaron a sus hogares. Sin embargo, los miembros que fueron evacuados a Alemania fueron enviados a la 20.ª División de Granaderos Waffen de las SS (1.ª estonia)[8]