El Servicio de Búsqueda de Ontología es un spin-off del proyecto PRIDE, que requiere una interfaz de consulta centralizado para la ontología y la búsqueda de un vocabulario controlado. Si bien muchas de las ontologías consultables por los OLS están disponibles en línea, cada uno tiene su propio formato de interfaz de consulta y de salida. El OLS proporciona una interfaz de servicios web para consultar múltiples ontologías desde una única ubicación con un formato de salida unificado.
El objetivo de la Ontología Génica (GO) es producir un vocabulario controlado que puede ser aplicado a todos los organismos, como el conocimiento de las funciones de genes y proteínas en las células está acumulando y cambiante. GO ofrece tres redes estructuradas de términos definidos para describir los atributos del producto gen.
La secuencia de Ontología (SO) es una parte del proyecto de ontología de genes y el objetivo es desarrollar una ontología adecuada para describir secuencias biológicas. Se trata de un esfuerzo conjunto de centros de anotación del genoma, incluyendo WormBase, la Berkeley Drosophila Genome Project, FlyBase, el grupo del genoma del ratón Informática y el Instituto Sanger.
El Generic Model Organism Database (GMOD) es un esfuerzo conjunto del sistema de bases de datos de organismo modelo WormBase, FlyBase, Mouse Genome Informatics, dólar de Singapur, Gramene, Rat Genome Database, EcoCyc y The Arabidopsis Information Resource para desarrollar componentes reutilizables adecuados para la creación de nuevas bases de datos de la comunidad de la biología.
SOFG es a la vez una reunión y un sitio web; que pretende reunir a biólogos, bioinformáticos, e informáticos que están desarrollando y utilizando normas y ontologías, con énfasis en la descripción de alto rendimiento genómica funcional experimentos.
La FGED Society es una organización internacional de biólogos, informáticos, y los analistas de datos que tiene como objetivo facilitar el intercambio de datos de microarrays generados por experimentos de genómica funcional.
La Ontology for Biomedical Investigations (OBI) es un acceso abierto, la ontología integrada para la descripción de las investigaciones biológicas y clínicas. OBI proporciona un modelo para el diseño de una investigación, los protocolos y los instrumentos utilizados, los materiales utilizados, los datos generados y el tipo de análisis realizados sobre el mismo. El proyecto está siendo desarrollado como parte de la OBO Foundry y, como tal, se adhiere a todos los principios en ella como la cobertura ortogonal (es decir, una clara delimitación de otras ontologías miembro de fundición) y el uso de un lenguaje formal común. En OBI el lenguaje formal común utilizado es el Lenguaje de Ontologías Web (OWL).
El Plant Ontology Consortium (POC) tiene como objetivo desarrollar, curar y compartir vocabularios controlados estructurados (ontologías) que describen las estructuras de plantas y de crecimiento / etapas de desarrollo. A través de este esfuerzo, el proyecto tiene como objetivo facilitar la consulta de bases de datos en profundidad para fomentar el uso constante de estos vocabularios en la anotación de los tejidos y / o etapa de crecimiento específicos de expresión de los genes, las proteínas y los fenotipos.
Phenoscape es un proyecto para desarrollar una base de datos de los datos fenotípicos para las especies en todo el Ostariophysi, un grupo grande de peces teleósteos. Los datos se capturaron utilizando anotaciones que combinan términos de una ontología de Anatomía, un acompañante Taxonomic Ontology y términos de calidad de la PATO ontology of phenotype qualities. También se utilizan varias otras ontologías OBO. La ontología anatomía fue desarrollado de la ontología de la anatomía del pez cebra desarrollado por la Zebrafish Information Network.
