Durante los últimos meses de la guerra, Ishii se estaba preparando para un ataque a larga distancia contra Estados Unidos con armas biológicas. Esta operación, cuyo nombre en código era Cerezos en Flor por la Noche, requería el uso de aviones para propagar, durante la noche, la peste en San Diego. El plan finalizó el 26 de marzo de 1945. Cinco de los nuevos submarinos de largo alcance clase I-400 iban a ser enviados a través del Océano Pacífico, cada uno con tres aviones Aichi M6A Seiran cargados con pulgas infectadas con la peste. Los submarinos debían salir a la superficie y lanzar la aeronave hacia el objetivo, ya fuera para lanzar la plaga a través de bombas transportadas en globo o para estrellarse en territorio enemigo. De cualquier manera, la plaga infectaría y mataría a miles de personas en el área. La misión era extremadamente arriesgada para los pilotos y submarinistas, probablemente una misión kamikaze. Un piloto bajo el mando de Ishii, Ishio Kobata, recordó el plan en 1998:
"Shiro Ishii me habló directamente sobre la misión kamikaze Cerezos en Flor por la Noche, que fue nombrada por el propio Ishii. Yo era el líder de un escuadrón de diecisiete. Entendí que la misión era esparcir pulgas contaminadas en la base del enemigo y contaminarlas con la peste."
El plan estaba pensado para comenzar el 22 de septiembre de 1945, pero no se realizó debido a la rendición de Japón el 15 de agosto de 1945. El Jefe del Estado Mayor del Ejército, Yoshijirō Umezu, vetó el plan al principio por razones de logística,[4][5] pero comenzó a volver a abrazar la idea a principios de agosto de 1945, una vez que la Armada Imperial Japonesa dijo que tenían algunos submarinos de largo alcance más capaces para transportar aviones sin encontrar problemas importantes en el camino.[6] Arata Mizoguchi, quien era comandante del Escuadrón 731 en la Armada Imperial Japonesa, dijo que para el 15 de agosto solo se habían construido tres submarinos clase I-400, pero estimó que, para el 2 de septiembre, dos o tres más se habrían construido de haber continuado la guerra.[7][8][9][10]