Tras la firma de los Tratados Torrijos-Carter de 1977, los Estados Unidos entrega en 1978 a Panamá las operaciones del Ferrocarril de Panamá como parte de los bienes, infraestructuras y territorios que serían revertidos a Panamá, según lo pactado en dichos tratados.
Durante la presidencia de Ernesto Pérez Balladares (1994 -1999), el estado panameño decidió privatizar, entre otros bienes públicos, el Ferrocarril de Panamá. [2]
La entonces Kansas City Southern Lines (KCSL) ganó en 1998 la concesión para operar, administrar y explotar la vía férrea. KCSL compró así el 50% de PCRC. Para 2002 se había reconstruido la vía y cambiado el ancho de vía del ancho ruso con el que se construyó originalmente en 1855 al ancho de vía internacional actual.
En 2023, Canadian Pacific Railway (CPR) compra a la Kansas City Southern Lines (KCSL). De esta fusión emerge Canadian Pacific Kansas City (CPKC), siendo esta la nueva empresa matriz de Panama Canal Railway.[3]
En 2025, la filial neerlandesa APM Terminals de la danesa Maersk, compró de CPKC su participación en PCRC.[4][5][6]