Deportivo Panta fue fundado el 16 de julio de 2000, en el distrito de Bellavista,Callao, con el nombre de Panta NPA en el seno de la familia Panta por iniciativa de José Panta. Ese mismo año se inscribió, participó y fue campeón Liga Distrital de Fútbol Sala de Bellavista. Tiempo después el club incursionó en brevemente en el fútbol callejero.[2]
En el 2010 el club compra el lugar del Deportivo Ingeniería en la División de Honor y empieza a participar de manera profesional. Ese mismo año cerró un acuerdo comercial con la Universidad César Vallejo, que se convirtió en su principal auspiciador. Sin embargo, el acuerdo no duró mucho y en el 2012 se unieron con la marca deportiva Walon Sport y como consecuencia el club cambió su denominación a Panta Walon.[3]
Desde su debut en el 2010, Panta ha jugado diez finales de la División de Honor. Ganó el campeonato en siete ocasiones (2010, 2011, 2013,[4] 2014,[5] 2017,[6] 2018[a]y 2022) derrotando en tres de ellas (2013, 2017 y 2018) a su clásico rival Primero de Mayo y perdió tres finales (2012, 2015,[9] 2016[10]), todas ellas frente a Primero de Mayo. Además fue campeón de los torneos de verano de 2013, 2014[11] y ganó el torneo apertura de 2018.
Panta ha participado en la Copa Libertadores de Futsal en seis ocasiones (2015, 2017,[12] 2018,[13] 2019,[14] 2022 y 2023). Pese a ser campeón en el 2010 y 2013, no pudo participar en el 2011 y 2014 puesto que el torneo en la Zona Norte no se organizó. La Copa no se jugó en el 2012, no se clasificó para la edición de 2014, por lo que finalmente fue subcampeonato en la División de Honor 2014 el que le permitió clasificarse para la Copa Libertadores 2015 en la que alcanzó las semifinales de la Zona Norte. Su mejor resultado lo consiguió en la edición de 2019 en la que alcanzó el 4.° lugar.[15][16][17]
En 2022 el equipo llegó hasta cuartos de final en la Copa Libertadores de Futsal, perdió en esa instancia ante Cerro Porteño de Paraguay. Su participación en el torneo local empezó el 31 de mayo venciendo 4-2 a Palermo FC. En semifinales se enfrentó a Hermanos Rey al que derrotaría por un marcador global de 4-1, ganando de esta manera el derecho de disputar la final ante Universitario de Deportes. El partido de ida de la final se jugó el 25 de octubre, el resultado fue un empate a dos goles,[18] todo se definió en la vuelta el 27 de octubre. Panta vencería a Universitario 3-0 y se proclamó campeón por séptima vez en su historia.[19][20]