Esta parroquia surge de la anterior ermita del Farrobo que construyeron los vecinos de la villa arriba en el siglo XVII.
La actual parroquia está situada en unos antiguos terrenos azucareros del genovés Tomás Justinianeo. Tras veinte años de lucha los vecinos del Farrobo consiguieron la independencia y los medios necesarios para adecentar la ermita.
La colocación del Santísimo en la ermita el 19 de marzo de 1861 colmó de satisfacción a los vecinos. Surgieron problemas cuando la parroquia matriz de la Inmaculada Concepción delimitó los límites parroquiales haciendo que los beneficiados de la Concepción administraran sacramentos en San Juan.
El edificio pudo ser bendecido en agosto de 1747 tras dos décadas de obras, aunque no se terminó el traslado hasta 1758 donde la actual torre no había sido edificada.
La torre de la parroquia fue ordenada a construir el obispo Delgado y encomendada a Don Mateo González Grillo (1724-1771) que realizó además numerosas donaciones a la parroquia. Todo este proceso necesitó mucho tiempo, y fue imprescindible el apoyo de los patrocinadores debido a la penuria económica.