Pedro Farfán de los Godos nació en Sevilla alrededor de mediados del siglo XVI; posteriormente, en su adultez contraería matrimonio con Jerónima de Medrano, con quien engendraría a sus hijos Pedro y Catalina Farfán.[1][2]
El 26 de octubre de 1613 sería designado, por el rey Felipe III, como alcalde mayor de San Salvador; por lo que se embarcó hacia el continente americano en compañía de su esposa, hijos, seis criados, una africana y una mulata.[3][2] Tomaría posesión de su cargo de alcalde mayor a principios de 1614; más adelante en 1615 solicitaría ser familiar del Santo Oficio de la Inquisición.[1][4]
En el año de 1619 fue acusado de ofensas contra la iglesia y los indígenas;[5] por lo que al no poder pagar la fianza de 2.000 tostones al receptor general de penas de cámara y gastos de justicia Martín de Solorzano, fue apresado y llevado a la prisión de la Real Audiencia de Guatemala, donde solicitaría (a través de su abogado Nicolás de Penagos) que se le enviará a guardar prisión a su casa debido a estar muy enfermo, pero dicha solicitud sería rechazada y continuaría guardando prisión en la cárcel.[1]
El 16 de mayo de 1620 el cabildo de la ciudad de San Salvador (a través de su síndico procurador Rodrigo de Herbás Pacheco) se quejaría ante el rey, que el presidente-gobernador y capitán general de Guatemala Antonio Peraza de Ayala Castilla y Rojas conde de la Gomera y demás miembros de la real audiencia guatemalteca hacían caso omiso de los delitos de Farfán de los Godos y pedían que se le diese el debido castigo.[5]
En 1621 la real audiencia guatemalteca lo exoneraría de sus cargos y lo liberaría de prisión, por lo que se trasladaría a vivir a San Salvador;[1] muy probablemente fallecería por 1623, ya que en ese año el rey Felipe IV envió una real cédula al presidente-gobernador de Guatemala para que le pagase 1000 ducados a Jerónima de Medrano (viuda de Farfán de los Godos) para que con sus hijos realizara el viaje a España.[6]
