El término «pequeño punto rojo» ganó vigencia después de que el presidente de Indonesia Jusuf Habibie criticara a Singapur en un artículo publicado en el Asian Wall Street Journal el 4 de agosto de 1998. Se informó que Habibie había comentado que él no tenía la sensación de que Singapur fuera un país amigo, y había señalado un mapa, diciendo: «está bien para mí, pero hay 211 millones de personas [en Indonesia]. Todo el [área del mapa] verde es Indonesia. Y ese punto rojo es Singapur».[1] El comentario provocó una protesta, ya que fue visto como un descarte a Singapur.[2]
Un año más tarde, el 23 de agosto de 1998, durante una concentración en conmemoración a la independencia de Singapur, el primer ministro Goh Chok Tong, este calificó la reciente crisis financiera asiática como «una gran tragedia», y señaló que la rupia valía solo un quinto de lo que era frente al dólar estadounidense en junio de 1997; el sistema bancario casi se había derrumbado; se esperaba que la economía se contrajera en un 15% en 1998; y que se habían producido disturbios en el país en mayo, dirigidos en su mayoría contra indonesios chinos. Luego declaró: «Singapur ayudará a Indonesia dentro de los límites de nuestra capacidad. Somos una economía pequeña [...] Después de todo, solo somos tres millones de personas. Solo un pequeño punto rojo en el mapa. ¿Dónde está nuestra capacidad para ayudar a 211 millones de personas?».[3]
Reflexionando sobre los comentarios de Habibie en una conferencia el 3 de mayo de 2003, el entonces vice primer ministro y posteriormente primer ministro, Lee Hsien Loong, dijo: «Este [comentario] fue un recordatorio vívido y valioso de que somos muy pequeños y muy vulnerables. El pequeño punto rojo ha entrado en la psique de todos los singapurenses y se ha convertido en una parte permanente de nuestro vocabulario, por lo cual estamos agradecidos».[2][4]
El 19 de septiembre de 2006, Habibie explicó a los periodistas que lejos de descartar a Singapur en 1998, había querido destacar los logros del país vecino a pesar de su pequeño tamaño. Dijo que había hecho el comentario mientras hablaba con los miembros de un grupo juvenil indonesio y trataba de "darles espíritu". Dijo que les había dicho: "Si miras el mapa del sudeste asiático, tú [Indonesia] eres tan grande y Singapur es solo un punto. Pero si vienes a Singapur, ves gente con visión".[2][5]