Los indicios históricos y arqueológicos hacen suponer que el área correspondiente al puerto fue ocupada por íberos, fenicios, griegos, cartaginenses, visigodos y musulmanes; pero en especial por el Imperio romano con su llegada durante la campaña de Escipión contra los cartagineses, a finales del siglo III a. C.
El asentamiento de Portus Magnus se correspondería con un gran fondeadero costero situado en la bahía de Guardias Viejas (actual municipio de El Ejido). Fue parte administrativa de la provincia de la Hispania Ulterior, y más tarde, en la provincia Bética donde marcaba su límite oriental en el municipio murgitano.
Portus Magnus habría mantenido necesariamente relaciones con la ya existente Murgi (la ciudad romana más grande entre Malaka y Cartago Nova), Abdera, Urci o Urke. De este puerto salían miles de ánforas que actualmente forman parte del monte Testaccio. Los romanos introdujeron la organización territorial, las vías de comunicación y los impuestos, y explotaron sistemáticamente los recursos minerales del territorio. Se fortaleció asimismo el comercio con el resto del Mediterráneo, especialmente el del garum, encontrándose restos de instalaciones salineras y de salazón, así como útiles de pesca y ánforas.