La primera junta directiva estuvo integrada por: José Rubio Rolando (presidente), Andrés Echevarría (secretario). Plácido Galindo (tesorero), Eduardo Bermúdez, Roberto Carrillo, Carlos García, Dionisio Solipoma (vocales) y los encargados de la elaboración de los estatutos fueron: Andrés Echevarría, Plácido Galindo y Carlos García.[2] Actualmente, el presidente es elegido por los socios mediante elecciones que se realizan cada tres años, dentro de los primeros veinte días del mes de marzo del año en que corresponda.[3] Pueden formar parte de la junta directiva todos los socios activos hábiles con antigüedad de cinco años para todos los cargos exceptuando al presidente, primer vicepresidente y segundo vicepresidente que requiere veinte años.[4]
Desde agosto de 2010 la administración de la «U» estuvo a cargo de una Junta Transitoria formada por algunos socios del club encabezados por Eduardo Guinea, luego de que el Juzgado Mixto de Lurín mediante la resolución N° 13 del 5 de agosto de 2010 así lo ordenara.[5] Por tal motivo, los comicios que se habían realizado unas semanas antes y en los que resultó ganador Jaime León Pallete quedaron sin validez.[6] Los miembros de la Junta Transitoria convocaron a unas nuevas elecciones para enero de 2011, obteniendo el triunfo Julio Pacheco con 527 votos a favor.[7] Julio Pacheco fue el primer socio activo que asumió la presidencia de la institución, pues anteriormente este cargo solo lo habían ocupado los fundadores y/o socios honorarios.[8]
En 2012, el Instituto Nacional de Defensa de la Competencia y de la Protección de la Propiedad Intelectual inició un proceso concursal para la reestructuración del club, por lo que la junta directiva se desintegró e INDECOPI nombró a Rocío Chávez Pimentel gerente de Right Business S. A. como administradora temporal del club.[9] En julio de 2014, la junta de acreedores decidió no ratificar a Rocío Chávez Pimentel como administradora del club y nombró a Fernando Bravo de Rueda como nuevo administrador temporal de Universitario de Deportes, cargo que ocupó hasta enero de 2015.[10] El actual administrador temporal del club es Jean Ferrari.[11]
