Nació en Vich en el seno de una familia musical. Su formación musical fue en la Catedral de Vich, como infante del coro, donde permaneció ocho años y estudió violín. Posteriormente partió a Barcelona para perfeccionarse en el instrumento y estudiar Composición.[3]
Tras estudiar teología, realizó sin éxito las oposiciones para las plazas de maestro de capilla en Valencia, Valladolid y de la iglesia parroquial de Santa María del Pino de Barcelona, donde fue violinista. También fue maestro de capilla segundo de la sede barcelonesa.[2]
El 17 de marzo de 1794 ingresó en el magisterio en la Catedral de Gerona por oposición, sustituyendo a José Pons. De hecho, las oposiciones habían sido ganadas por su hermano, Antonio, que renunció al cargo en favor de su hermano. Rafael conservó el beneficio correspondiente hasta su muerte. Allí se ordenó sacerdote y allí se concentra gran parte de su obra compositiva. Como maestro de capilla era responsable de la enseñanza de los monaguillos y presidir los tribunales de las oposiciones de músicos. El 16 de julio de 1797 cantó su primera misa en Vich. Colaboró con jóvenes músicos de Vich, llevándolos a Gerona.[3][5]
Compta estuvo en Gerona durante la invasión napoleónica y sufrió el asedio de la ciudad. Es sus composiciones se ve una fuerte ideología contraria a los franceses.[3]
El lugar y la fecha de su fallecimiento no está claro. Autores como Pinyol lo dan fallecido en Vich entre julio y agosto de 1815,[3] otros como Civil no dan el lugar de fallecimiento, pero lo sitúan en 1820.[4] Otros autores lo hacen fallecido en Gerona, cuando regresaba desde Vich en agosto de 1815.[2][5]
Su hermano, Pedro Antonio Compta (Vich, c. 1759 - Segovia, 17 de junio de 1818), fue maestro de capilla de la Catedral de Segovia a partir de 1793.
