Tras superar el curso teórico-práctico en la Escuela Judicial, en mayo de 2009 la Comisión Permanente del Consejo General del Poder Judicial (CGPJ) lo destinó al Juzgado de 1ª Instancia e Instrucción Único de Almadén, en la provincia de Ciudad Real.[3] Tras tres años en el mencionado juzgado, fue destinado al Juzgado de Primera Instancia e Instrucción número 2 de Montoro, provincia de Córdoba.[4] Fue promovido a la categoría de Magistrado en 2015.[5] Más tarde ocupó la plaza de Magistrado en el Juzgado de lo Penal n.º 1 de Córdoba.
En 2017, el CGPJ lo nombró magistrado letrado y le destinó a la sección de Planta y Oficina Judicial del Servicio de Personal Judicial de dicho consejo, ocupando la jefatura.[6]
A finales de mayo de 2025 se hizo pública su intención de abandonar el Ministerio, por motivos personales, tras casi siete años asistiendo al ministro Grande-Marlaska.[9] El relevo se llevó a cabo a principios del mes de junio de 2025.
Tras solicitar su reingreso al servicio activo en la carrera judicial y, en aplicación del artículo 358 de la Ley Orgánica 6/1985, de 1 de julio, del Poder Judicial, en la redacción dada por la Ley Orgánica 3/2024, de 2 de agosto, que impide a los jueces y magistrados reincorporarse a su puesto en el plazo de dos años tras su cese en un puesto político, Pérez Ruiz se encuentra en situación de servicios especiales, adscrito a la Presidencia del Tribunal Supremo, hasta el 4 de junio de 2027.[10]
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