No se puede sobrestimar la influencia de la obra de Hooker, especialmente su tratado sobre la relación entre la iglesia y el estado civil (Of the Laws of Ecclesiastical Polity) que fue publicado, en ocho volúmenes, a partir de 1593. Sin embargo, sus obras se extienden a otras áreas e intereses.
Uno de sus trabajos de mayor importancia es su sermón titulado: "Un discurso educado sobre la justificación, las obras y el como la fundación por la fe es derrocada". En este sermón Hooker defiende la posición de justificación epistémica '"Sola fide" (justificación por la fe) pero agrega que incluso quienes no la comprenden o aceptan pueden ser salvados por Dios. Esto implica -especialmente en el contexto de la época- que incluso los católicos no están necesariamente condenados. (contrario a lo que los teólogos puritanos proponían) Esta posición enfatiza la creencia de Hooker que los cristianos deben concentrarse en lo que los une más que en lo que los divide.
Lo anterior (y otros sermones y pronunciamientos similares) dio origen -como se ha sugerido- a un debate mayor entre Hooker y los partidarios del puritanismo, especialmente con los representantes del calvinismo, quienes mantenían una posición que desagradaba a Hooker -Lutero, por ejemplo, enseñó que la salvación es un regalo exclusivamente de Dios, dado por la gracia a través de Cristo y recibido solamente por la fe.[2] - Este debate ocasionó que finalmente Hooker escribiera su obra maestra:
En esta obra (ocho volúmenes, algunos publicados después de su muerte) Hooker aboga por un camino intermedio (Vía Media) entre el catolicismo y el puritanismo. Argumentando que es importante reconocer que la Biblia fue escrita en un contexto histórico determinado y en relación con situaciones específicas Hooker sugiere que tanto la razón como la tradición son relevantes cuando se interpretan las escrituras.
En principio, Hooker fue influido por la obra de Tomás de Aquino (pero ver más abajo acerca de como lo adaptó) para rechazar, aunque no totalmente, la posición de Martín Lutero y Juan Calvino acerca del "sacerdocio de todos los creyentes" que implicaba la remoción de los clérigos y el aparato de la iglesia.[3]
Lo que está detrás de esta disputa aparentemente teológica y puramente acerca de la mejor manera de reglar y organizar una iglesia es la posición que el rey en general y la reina en el caso específico tendría en la jerarquía de la iglesia anglicana. Si la posición protestante fuera seguida al extremo lógico (de ser gobernada por un grupo de "elegidos por Dios") la posición de la reina como cabeza de la iglesia no es aceptable. Por otra parte, si el monarca es nombrado por Dios para gobernar, no es aceptable que cualquier o toda parroquia tenga derecho a decidir por sí misma en asuntos de doctrina.
La solución que Hooker propuso fue, como se ha visto, un camino intermedio a las posiciones tanto del catolicismo como del protestantismo. Por un lado acepta tanto la tradición -que sustenta tanto la organización establecida- como el principio de autoridad para interpretar esa tradición pero al mismo tiempo acepta el principio de justificación por la fe, que abre la posibilidad de interpretaciones individuales -por la gracia divina-. Esto, a su vez, se justifica en una reinterpretación "latitudinaria" del trabajo de Aquinas.
Por latitudinaria se entiende una interpretación bastante libre. Hooker interpretó la posición del escolasticismo en general y Aquinas en particular como significando que la organización de la iglesia -y cualquier otro organismo, incluido el estado- es una materia indiferente para Dios. Hooker alega que hay reinos (y reyes) buenos y malos. Igualmente, hay democracias buenas y malas. Buenos obispos, pero también malos. Así como los buenos no transforman sus respectivas posiciones en "buenas y necesarias" desde el punto de vista divino, tampoco los malos vician necesariamente esas mismas instituciones.
Igualmente, Hooker alega que "asuntos menores" de doctrina no son los que deciden si una persona salva o no su alma. Tales asuntos no pasan de ser "andamiajes" que rodean y apoyan la vida moral y espiritual de los creyentes.
Específicamente acerca del problema de la autoridad como fuente de interpretación Hooker argumenta que tal autoridad proviene de la Biblia y de la tradición de la iglesia temprana, pero que tal autoridad es algo que se tiene que basar en la piedad (entendida como dedicación religiosa o espiritualidad) más que resultando de una investidura formal. Esto debido a que la autoridad debe ser obedecida aun cuando esté equivocada, situación que solo puede ser resuelta a través de la razón correcta y el Espíritu Santo
En resumen, la posición de Hooker es que lo que es importante en los ojos de Dios no es lo formal sino lo moral, la actitud con que la que un individuo se aproxima a Dios y las prácticas religiosas. Acerca de esto. un aspecto central es que esos individuos logren una armonía entre la razón y la fe en su vida personal, armonía que implica una tolerancia hacia percepciones y estilos de vida diferentes.