Nació en una población marginal en la comuna de Quinta Normal (Santiago de Chile) el 17 de diciembre de 1942, siendo su padre un mendocino que estuvo encarcelado por estafas a empresas de publicidad; estuvo bajo el cuidado de una mujer llamada Etelvina, quien Samuel creía que era su madre, hasta que su padre le indicó que no lo era. A los 16 años se trasladó a Bariloche a conocer a una mujer que sería su madre, y en 1960 se radicó en Bahía Blanca.[2]
Una vez asumida su homosexualidad, Samuel Pinto inició su vida sexual en Bahía Blanca y conoció el ambiente gay de la ciudad mientras realizaba trabajos esporádicos, como por ejemplo de lavaplatos en un restaurante. Posteriormente se trasladó a Mar del Plata y en 1961 se radicó en Buenos Aires, desempeñándose hasta 1973 como trabajador en los laboratorios Andrómaco, mozo en el Teatro Tabarís, ayudante de panadería, cocinero, maestro de escuela, ayudante de conserjería en hoteles, cartero, cadete y taxista, realizando este último trabajo durante diez años.[2]
En 1972, durante una visita a unos baños públicos, encontró escrita en la pared de un cubículo la frase «Homosexual no estás solo. El Frente de Liberación Homosexual está contigo» y realizó la búsqueda de dicha agrupación, conociendo a Néstor Perlongher y participando de sus reuniones hasta febrero de 1973, fecha en que retornó a Chile —tras abandonar sus estudios de Psicología en la Universidad de Buenos Aires— para participar del proceso revolucionario durante el gobierno de Salvador Allende.[1][2]
Producto del golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973, Pinto decidió buscar ayuda en el Comité Pro Paz, quienes en octubre lo ayudaron a saltar los muros de la embajada de Italia en Santiago para así solicitar asilo y poder salir del país, lo que le fue otorgado por el país europeo el 22 de diciembre del mismo año.[1][2] Tras su salida de Chile, la dictadura militar le prohibió el retorno a su país en al menos dos ocasiones, mediante el decreto 86 del 6 de marzo de 1980 y el decreto 1288 del 15 de septiembre de 1981.[3][4]
Al ser exiliado de Chile, Samuel Pinto se radicó en Bolonia (Italia), en donde se estableció como delegado europeo del Frente de Liberación Homosexual, utilizando en sus comunicaciones los seudónimos de «Julio Montero» o «Lola Puñales» para evitar su identificación y que se tomaran represalias por parte de organismos represivos de las dictaduras chilena y argentina.[5] En 1974 estableció su primer contacto con el Fronte Unitario Omosessuale Rivoluzionario Italiano (FUORI) de Turín, tras lo cual decidió organizar el primer grupo de homosexuales boloñeses, que en mayo de 1975 se denominó Sex Pol, cambiándolo posteriormente a Collettivo di Liberazione Sessuale (CLS).[2]
En 1977 Pinto encabeza la formación del Collettivo Frocialista, primera agrupación LGBT de Bolonia y cuyo nombre era un juego de palabras entre «frocia» (puto) y «socialista»,[2] realizando sus actividades de manera formal a partir del 19 de diciembre de dicho año, reuniéndose los días lunes en la sede local del Partido Socialista Italiano (PSI) con el apoyo de la sección Treves de dicha colectividad.[5][6][7] En 1979 el Collettivo Frocialista cambió de nombre a Circolo Culturale Omosessuale 28 Giugno («Círculo Cultural Homosexual 28 de Junio») y en 1982 el municipio boloñés le asignó una sede en el Cassero de Porta Saragozza, convirtiéndose en la primera agrupación LGBT de la región en tener una sede social propia.[8]
El 7 de octubre de 2016 se unió civilmente con Gino, su pareja.[2] El 11 de septiembre de 2023, coincidiendo con el 50° aniversario del golpe de Estado en Chile de 1973, el alcalde de la comuna de Bolonia, Matteo Lepore, condecoró a Samuel Pinto con la «Turrita d'Argento», galardón entregado a ciudadanos destacados por sus servicios a la ciudad.[9][10]