Fue botada en Niza el 21 de diciembre de 1522, el mismo día[1] en que se terminó el sitio de Rodas (1522), cuando las tropas otomanas bajo el mando del sultán Suleiman el Magnífico acepta una capitulación honrosa[2] por parte de Philippe Villiers de l’Isle-Adam[3] y expulsa a los caballeros de la isla.[1]
Tuvo un impresionante hecho de armas en 1531, cuando fue atacada en solitario por toda la flota del corsario otomano Jeireddín Barbarroja entre Favignana y Levanzo. Viéndose acometido por 25 galeras, el capitán Francois de Toucheboef ordenó disparar toda la artillería de la Santa Anna, dañando las primeras naves enemigas, y entonces mandó acercarse a una cala de la isla, desde donde pudo disparar cómodamente sus cañones contra la flota turca sin que la carraca fuera rodeada. Barbarroja entonces desistió y optó por retirarse antes de sufrir mayores daños.
La carraca fue desmantelada y abandonada en 1540[1] por orden del sucesor de Villiers de l’Isle-Adam, el español Juan de Homedes y Coscón,[2] supuestamente por sentirse este celoso de la victorias logradas por Fra Francesco de Cleremont, el capitán del barco.[1] Otro motivo más probable para el abandono de la nave podría ser que la Orden tenía dificultades financieras debido a la confiscación por parte de Enrique VIII de sus propiedades en Inglaterra y que el coste del mantenimiento de la nave ya no resultaba viable.[1]
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