Secuenciación Ion Torrent
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La secuenciación Ion Torrent es un método de secuenciación de ADN basado en la detección de protones liberados durante el proceso de polimerización del ADN. Por lo tanto, este método se guía a través de la adición de nucleótidos que se llevan a cabo en las cadenas simples de ADN en estudio.[1]
Este tipo de secuenciación difiere de los demás tipos en que no usa nucleótidos modificados químicamente y la detección no se realiza por métodos ópticos, sino por detección de pH (los pH-metros más pequeños del mundo).
Fue desarrollada por Ion Torrent Systems Inc. y salió al mercado en febrero de 2010. Ion Torrent patrocinó la máquina como un secuenciador rápido, compacto y económico que se puede utilizar en un gran número de laboratorios como un aparato de mesa.
Tecnología aplicada
La incorporación de desoxirribonucleótidos trifosforilados (dNTP) en el ADN en replicación implica la generación de un enlace covalente y la liberación de un pirofosfato y un protón. El dNTP se incorpora exclusivamente en casos de complementariedad con el nucleótido de la cadena molde. Este principio es en el que se basa esta técnica de secuenciación.
n primer lugar, se aísla el ADN y se corta en fragmentos más pequeños, los cuales se unen a pequeñas bolas denominadas beads. Cada una de ellas, unida con millones de fragmentos de ADN, entra en los micropocillos de un microchip. A continuación, se baña el microchip con una solución de uno de los nucleótidos. Si el nucleótido se incorpora en la cadena de ADN, se libera un protón, el cual es detectado por la base del pocillo, la cual actúa como un mini-pHmetro (sensor iónico ISFET). Gracias a que cada lámina del microchip es semiconductora, se pueden detectar estos pequeños cambios iónicos.[2] Este proceso se repite cada 15 segundos con una nueva solución de cada nucleótido, por lo que el micropocillo debe lavarse adecuadamente antes de añadir la siguiente solución para evitar interferencias que falseen los resultados.
Las señales generadas en los pocillos se transmiten directamente a un ordenador, sin necesidad de ser procesadas durante la transferencia.
La exactitud que alcanzó el secuenciador en febrero de 2011 era del 99.6% basada en lecturas de 50 bases, con 100 Mb por cada ronda. La longitud de lectura en la misma fecha era de 100 pb. La exactitud para las repeticiones de homopolímeros de 5 repeticiones de longitud era del 98%. Se debe tener en cuenta que dichas cifras no se han verificado independientemente fuera de la empresa Ion Torrent.
