Primera fase: Los nueve equipos fueron divididos en dos grupos, uno de cuatro y otro de cinco clubes. Se jugó todos contra todos ida y vuelta (6 y 10 fechas), los dos primeros de cada grupo avanzaron a la fase final.
Fase final: La jugaron los cuatro equipos clasificados de la primera fase, se enfrentaron en play-offs a partido único y determinaron a los clasificados a los treintaidosavos de final del Ascenso Nacional 2021, los primeros de cada grupo definieron al campeón y subcampeón provincial respectivamente, mientras que los segundos de cada grupo jugaron un partido único por el tercer puesto para determinar el último clasificado a los play-offs.
Fuente: Aso Cotopaxi, Lunch Deportivo Colores: Verde = victoria local; Amarillo = empate; Rojo = victoria visitante. Para partidos aún no disputados, una a indica que hay un artículo sobre el partido.
Fuente: Aso Cotopaxi, Lunch Deportivo Colores: Verde = victoria local; Amarillo = empate; Rojo = victoria visitante. Para partidos aún no disputados, una a indica que hay un artículo sobre el partido.