Hace unos 4000 años, un arma consciente fue creada por una antigua civilización. Luego de haber estado perdida por milenios, el arma, llamada Gizoid, fue desenterrada e investigada por el profesor Gerald Robotnik. Permaneció inactiva por otro medio siglo antes de ser descubierta por nada menos que el nieto de Gerald Robotnik dedicado a conquistar el mundo, el Doctor Ivo Robotnik. Frustrado por no poder hacer funcionar el arma, Eggman la tira en Emerald Beach... donde es descubierta nuevamente, esta vez por el héroe del planeta, Sonic the Hedgehog.
El Gizoid, al que Sonic apoda Emerl, se involucra en los asuntos de los amigos de Sonic, de sus aliados y rivales. Mediante sus encuentros con Sonic establece un "enlace" que hace que Emerl sea su compañero; Sonic, al no saber cómo se dio tal "enlace" con Emerl, decide ir a preguntarle a Tails sobre el funcionamiento de este. Después de investigar a Emerl, Tails descubre dos cosas interesantes: Una es que Emerl funciona con Esmeraldas del Caos con lo cual puede ir incrementando sus poderes, y la otra es que tiene la habilidad de poder aprender diferentes ataques de sus rivales cuando está peleando contra estos.
A medida que se avanza en el juego, se relata la historia de Emerl en episodios, los cuales están relacionados con otros personajes como Knuckles, Amy, Cream, Rouge, y Shadow. Mediante sus encuentros con estos personajes, Emerl va creciendo y desarrollándose, pasando de ser un robot desalmado a un mecha alegre con características de cada uno de sus amigos. Pero mientras la pandilla se divierte criando a su nuevo juguete mecánico, hay otros que ven el verdadero poder de Emerl. Ahora que el Gizoid está funcionando, Eggman quiere recuperarlo, Rouge quiere convertirlo en un maestro ladrón, y Shadow siente que, a pesar de sus esfuerzos por humanizarlo, Emerl aún está diseñado y programado para ser un arma de destrucción masiva...
4 de diciembre de 2003 
12 de enero de 2004 
27 de febrero de 2004
