La ciudad de Gedern en Hesse, adquirida en 1535, se convirtió en la sede de la rama cadete de Stolberg-Gedern en 1677. Esta línea menor, elevada a principado imperial por el emperador Carlos VII de Wittelsbach en 1742, fue readquirida por Stolberg-Wernigerode en 1804. La línea de Wernigerode también recuperó Stolberg-Schwarza el 14 de septiembre de 1748.
En 1714, el conde Cristián Ernesto rindió su ejército y la independencia fiscal de Stolberg-Wernigerode al rey Federico Guillermo I de Prusia, aunque todavía mantuvo la autoridad sobre sus territorios como conde. El condado fue mediatizado en 1807 y formó parte del Reino de Westfalia. En el Congreso de Viena de 1815, Stolberg-Wernigerode fue cedido a Prusia, aunque los sucesivos condes conservaron derechos de soberanía hasta 1876. El territorio fue incorporado a la prusiana Provincia de Sajonia en 1815.
Los condes de Stolberg-Wernigerode fueron considerados Reichsfrei. Los hijos de los príncipes y princesas llevaron el título de príncipe/princesa zu Stolberg-Wernigerode y el tratamiento de Alteza Serenísima. Otros miembros de esta línea ostentaban el título de Conde/condesa zu Stolberg-Wernigerode (no deben confundirse con condes ordinarios), con el tratamiento de Alteza Ilustrísima.
