Gilli tuvo una corta carrera futbolística amateur con el equipo B del Nîmes, UC Vergèze y Lunel, antes de trabajar como fisioterapeuta después de sufrir una grave lesión. En ese puesto, colaboró con el CS Sfaxien, el Nîmes y el Fulham.[1]
En 2003, empezó a trabajar como asistente técnico de Mehmed Baždarević, con quien estuvo 17 años. Durante esta etapa, lo acompañó como su segundo entrenador en Istres, Étoile du Sahel, Al-Wakrah, Grenoble, Sochaux y la selección de Bosnia y Herzegovina.[2] En diciembre de 2016, quedó a cargo de un partido frente a Gibraltar tras la suspensión de Baždarević por conducta antideportiva.[3] El 9 de junio de 2017, fue relevado de su cargo en el seleccionado europeo después de golpear al jugador griego Giannis Gianniotas luego del final de un encuentro.[4]
En 2018, volvió a unirse a Baždarević para entrenar al Paris FC. Tras el despido de Baždarević el 30 de diciembre de 2019, fue nombrado entrenador interino.[5] En enero de 2020, René Girard fue nombrado a cargo del club francés por lo que pasó a ser su asistente técnico.[6] Más tarde, acompañó a Vahid Halilhodžić durante su etapa en la selección de Marruecos.[7]
El 3 de junio de 2023, fue oficializado como entrenador del Paris FC.[8] En su segunda temporada a cargo, obtuvo el ascenso a la Ligue 1 con una jornada de anticipación y devolvió al club a la máxima categoría tras 46 años de ausencia.[9] El 22 de febrero de 2026, fue relevado de su cargo después de una serie de malos resultados.[10]
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Francia
