El barrio de São João tiene sus orígenes en el siglo XIX cuando se desarrolló el Arraial dos Navegantes, que corresponde a los actuales barrios de Navegantes y Humaitá, y la carretera Passo d'Areia (el trazado corresponde a las actuales avenidas Benjamin Constant y Assis Brasil), en torno a la Capilla de São João construida en 1874 en una pequeña cantera en terrenos propiedad de las hermanas Clara y Felicidade Maria da Silva. El lugar actualmente lo ocupa la Iglesia de São João Batista.[2]
Su crecimiento se vio impulsado por la creación de la línea de tranvía São João que terminaba frente a la capilla. Los límites actuales del barrio se establecieron en la década de 1950 cuando se crearon oficialmente varios barrios de Porto Alegre.