El Sexto Doctor se ve obligado a aterrizar la TARDIS en una estación espacial gallifreyana, donde le llevan a una corte de justicia. La Inquisidora le informa al Doctor que le van a poner a juicio por conducta impropia de un Señor del Tiempo, y que las pruebas las mostrará el El Valeyard. La primera prueba la mostrarán en un video, sacado de la Matriz, de la reciente involucración del Doctor en el planeta Ravolox, donde el Valeyard muestra que el Doctor se involucró deliberadamente en los asuntos del planeta. El Doctor niega los cargos mientras el Valeyard los muestra. Tras mostrar el video, el Valeyard afirma que tiene evidencias suficientes para solicitar la pena capital contra el Doctor.
Tal y como muestran las pruebas, el Doctor y Peri aterrizan en Ravolox, que encuentran similar a la Tierra. El Doctor sabe que Ravolox fue devastado por una bola de fuego, según cuentan las fuentes oficiales, pero la presencia de vida vegetal floreciente le hace sospechar. Mientras caminan, les observan Sabalom Glitz y Dibber, mercenarios en el planeta que intentan destruir un generador de "luz negra" para destruir al robot L3 oculto bajo tierra al que da energía. El Doctor y Peri encuentran un túnel y entran para encontrar restos de lo que parece la estación de metro de Marble Arch de Londres, picando la curiosidad del Doctor todavía más. El Doctor quiere adentrarse más, pero Peri está preocupada y se queda atrás.
Pronto la captura una tribu humana local liderada por Katryca, quienes la llevan a su campamento. Katryca le informa a Peri de que necesitará traer muchos maridos para la tribu, y la encierran con Glitz y Dibber. Ambos también fueron capturados tras aproximarse a la tribu para intentar convencerles de que les dejaran destruir el generador, que la tribu ha tomado por un tótem. Los tres logran derrotar a los guardias y escapar, pero no antes de colocar una bomba en el generador de luz negra. Entonces la tribu comienza a perseguirles. Mientras, el Doctor está explorando las instalaciones modernas subterráneas y también le capturan humanos vigilados por "el Inmortal". Le traen a su presencia, resultando ser el robot L3 que Glitz está buscando. El robot se llama a sí mismo Drathro y sigue sus propias instrucciones para mantener el hábitat del sistema subterráneo. Drathro ordena al Doctor hacer las reparaciones necesarias, pero el Doctor logra electrocutar temporalmente al robot y así escapar. Drathro entonces manda un robot de servicio a por él...
La razón por la que la Tierra se ha convertido en Ravalox, así como las razones de la bola de fuego, se explican en The Ultimate Foe, el último segmento de la temporada. Al principio del primer episodio, el Doctor está a punto de revelar su apellido por primera vez en la historia de la serie, pero le interrumpen.
La relación entre el Sexto Doctor y Peri es mucho menos abrasiva en esta historia que en la temporada anterior. Tanto Colin Baker como Nicola Bryant querían mostrar como el viajar juntos había hecho a sus personajes menos combativos y peleones. Esto y los cambios en sus apariencias, particularmente el peinado de Peri y su forma de vestir sugieren un largo periodo entre esta historia y su anterior aventura televisada en Revelation of the Daleks, permitiendo la creación de aventuras literarias y en audiodramáticos ambientadas en ese periodo.
La Inquisidora y el Valeyard mencionan el anterior juicio contra el Doctor en The War Games. El Doctor protesta que no pueden juzgarle porque el Lord Presidente (The Five Doctors), y la explicación de la Inquisidora le explica que le han depuesto del cargo. Esta parte se introdujo a petición de Colin Baker que dijo que se produciría un agujero en la trama de lo contrario. A pesar de ello, en The Ultimate Foe, la Inquisidora rompe más reglas del juicio permitiendo al Valeyard continuar su trabajo de fiscal. En este serial, la Primera Ley del Tiempo hace referencia a la política de no inteferencia de los Señores del Tiempo, a diferencia de otros seriales donde se refiere a conocer a encarnaciones pasadas o futuras y alterar así su propia historia.
Al recuperarse de la inconsciencia, el Doctor cambia brevemente a la personalidad de una de sus encarnaciones anteriores, permitiendo a Colin Baker hacer una imitación de Jon Pertwee, diciendo "¡Mi cabeza me duele abominablemente, Sarah Jane!", y utilizando incluso la famosa frase "revertir la polaridad del flujo de neutrones". En la segunda parte, los lacayos de Drathro rebuscan en los bolsillos del Doctor y encuentran una bolsa de gominolas, un objeto icónicamente asociado al Cuarto Doctor.
