Llegó a Lima el 8 de junio de 1824 como Cónsul General, en compañía de su hija Leonora. Sus hijos varones, entre ellos el escritor Charles Rowcroft, permanecieron en Gran Bretaña. Al momento de su llegada, el Perú atravesaba el proceso de la Guerra de Independencia y Lima estaba tomada por los realistas.
Sin embargo, poco después de la llegada de Rowcroft, Simón Bolívar ingresó a Lima y los realistas se retiraron a la Fortaleza del Real Felipe. Fue asesinado por una ráfaga de balas después de ir a visitar a un amigo al Callao, que se encontraba en manos de los realistas. Su hija Leonora fue recogida en el HMS Cambridge y llevada de vuelta a Inglaterra, donde se casó el 4 de diciembre de 1827 con el teniente de la Armada Real británica, Alfred Samuel Robinson.[1]
Una de las Houses del Markham College de Lima lleva el nombre de Rowcroft en su honor.
