Después de descansar en Guiguinto, Bulacan, del 29 al 30 de marzo de 1899, la división estadounidense al mando de MacArthur avanzó hacia los suburbios de Malolos, llegando allí en la tarde del 30 de marzo.[3] En la mañana del 31 de marzo, los estadounidenses realizaron un bombardeo de artillería durante 25 minutos. Según el relato del coronel (más tarde general) Funston, fue el primero en entrar en Malolos y su unidad fue "disparado por una docena de hombres detrás de una barricada de piedras en la calle ". Los estadounidenses luego intercambiaron disparos con los filipinos en la plaza. Fue en ese momento que Funston y sus hombres vieron que la Presidencia (cuartel general) de Emilio Aguinaldo y el Salón del Congreso se habína incendiado. Esto animó los ánimos de los estadounidenses, que vitorearon antes de informar a su comandante de división, MacArthur, que Malolos era suyo para la toma.[4] La historia oficial estadounidense describió a la Presidencia como un edificio de "considerable belleza arquitectónica ". También señaló que el relato de Funston sobre el evento fue demasiado simplificado, afirmando que la resistencia filipina, que había durado casi dos horas, había sido "obstinada".[3]
En una carta enviada por la Primera República Filipina a la Junta de Filipinas en Hong Kong (que luego fue dirigida por Galicano Apacible) el 18 de abril de 1899, se declaró que la caída de Malolos no representó un impacto significativo en la capacidad de las fuerzas filipinas para librar la guerra contra los estadounidenses.[3] También se afirmó que las guarniciones filipinas en el norte no podían ser retiradas para la defensa de la capital porque se sospechaba un desembarco estadounidense en Pangasinan y Tayabas.[3] Los generales de la República creían que Malolos estaba lo suficientemente cerca de la costa para ser bombardeado por cañoneras estadounidenses, y que en lugar de avanzar para enfrentarlos, la mejor estrategia sería llevar a los estadounidenses al interior del país donde tendrían que hacerlo. dispersar sus fuerzas. Esto, a su vez, serviría para diluir la fuerza de los estadounidenses y mantener a las fuerzas filipinas fuera del alcance de los cañoneros estadounidenses.[3]
