Antes de su formacióm como sucursal de la UCL dentro del Congo Belga, ya tenía instituciones importantes: Fomulac (Fundación médica de la universidad de Lovaina en el Congo), fundada en 1926, Cadulac (Centros agronómicos de la universidad de Lovaina en el Congo), etc. Y antes de la independencia del Congo en 1960, ya se había empezado a escindir de la UCL.
En octubre de 1967, un rector congolés, Monseñor Tshibangu, diplomado en teología por la UCL, sucedió a Monseñor Gillon. En 1972, en plena zairianización, Mobutu Sese Seko decidió unir esta universidad con la Universidad de Lubumbashi (fundada por la Universidad de Lieja) y con la Universidad de Kisangani, fundada por misioneros preotestantes, en una sola institución la Universidad nacional del Zaire.[2]
