Tiene su origen en el pueblo homónimo, ubicado inmediatamente al sureste del actual asentamiento, junto al lago homónimo. El pueblo se desarrolló a lo largo del siglo XIX y formó parte de la gobernación de Tobolsk. La actual localidad fue fundada en 1894 como un poblado ferroviario que tomó el nombre de dicho pueblo, al construirse aquí una estación en la línea de Kurgán a Omsk del ferrocarril Transiberiano. La estación se abrió al tráfico en 1896, pero en sus primeras décadas sus habitantes se contaban por decenas. Por su ubicación estratégica ferroviaria, en 1919 fue lugar de combates durante la guerra civil rusa.[3][4]
La Unión Soviética decidió dar un desarrollo urbano a este punto estratégico, y en 1924 le dio el estatus de asentamiento de tipo urbano y capital del raión de Vargashí. Perdió su estatus de capital distrital en 1932, pero lo recuperó en 1935, cuando se estableció el mapa de raiones de la óblast de Cheliábinsk. En 1943 se desarrolló como núcleo industrial para hacer frente a las necesidades militares de la Segunda Guerra Mundial, y en ese mismo año pasó a formar parte de la óblast de Kurgán; en aquel momento tenía ya casi cinco mil habitantes, población que se duplicaría al finalizar el siglo.[5]
Antes de que el raión de Vargashí se constituyera como ókrug municipal en 2022, Vargashí había tenido hasta 2019 un ayuntamiento urbano que únicamente incluía como pedanía el posiólok de Yurajlý. Entre 2019 y 2022, el tamaño del término municipal aumentó hasta acumular veinte pedanías, al incorporar todas las localidades que hasta entonces formaban los asentamientos rurales de Baráshkovo, Vargashí, Lijachí, Pichúguino, Popovo y Sychovo. El territorio definido en 2019 sigue funcionando como subdivisión geográfica de desconcentración administrativa dentro del raión.[6]