Las autoridades informaron que el 23 de febrero de 2021, Chavarría habría muerto durante la masacre carcelaria de Turi, en Cuenca, sin embargo los familiares de alias Pipo registraron su fallecimiento con fecha de ese mismo día a causa de un infarto provocado por COVID-19, con un certificado de defunción firmado al siguiente día por una doctora en Santo Domingo de los Tsáchilas, a 430 kilómetros de Cuenca.[3][4][7]
Sin embargo la policía siempre tuvo dudas de su muerte debido a varios informes de inteligencia que alertaban que seguía con vida, pues existe una teoría de que Pipo fingió su muerte, y dicha teoría tomó fuerza luego de ser revelado los chats del Caso Metástasis y Purga, que la comunicadora social Mayra Salazar, relacionista pública de la Corte Provincial de Justicia del Guayas, tenía con sus contactos, donde aseguró que Leandro Norero lo ayudó a implantar sus huellas a un muerto, realizarse una cirugía estética para cambiar su rostro y huir a Europa con los documentos del fallecido.[3][4][4] Según Mayra Salazar en los chats, comenta que alias Pipo ordenó el asesinato de Norero en 2022, en la cárcel de Latacunga, y de Samir Maestre, para hacerse con la ruta del narcotráfico, además en 2023, el asesinato de Junior Roldán en Colombia.[4][1]
En 2002 el exministro del Interior, José Serrano, manifestó que las masacres carcelarias eran una pantalla para que los narcotraficantes pudieran fingir su muerte, y que Pipo seguiría vivo dirigiendo Los Lobos a través de Fabricio Colón Pico.[7] Al fingir su muerte y lograr emitir un certificado de defunción, es más difícil que se alerte una captura con la Interpol, legalmente se cierran los casos judiciales y los bienes retenidos podrían pasar a sus sucesores, por lo que el grupo de inteligencia de las autoridades tienen en la mira a Pipo y aseguran que él estaría aún con vida.[7]
En 2021 se reportaron denuncias en contra de alias Pipo por suplantación de identidad, relacionado con su supuesta muerte.[4]
Desde el 6 de junio de 2024, Pipo ha sido agregado a la lista de sanciones por narcotráfico por el Departamento del Tesoro de los Estados Unidos.[3][5]
