Yonghesuchus se conoce a partir de dos cráneos, uno con una mandíbula adherida (el holotipo) y otro con vértebras cervicales articuladas. El cráneo holotipo, IVPP V 12378, se vio deformado por compresión durante el proceso de fosilización, de modo que se ha aplanado dorsoventralmente. El cráneo paratipo, conocido como IVPP V 12379, también ha sufrido daños como resultado de su conservación.[1]
El premaxilar, el hueso en la punda del hocico, se proyecta más allá de los dientes frontales para formar una pequeña punta puntiaguda al final del hocico. El maxilar contiene una pequeña depresión que forma parte de la fosa anteorbital. Esta depresión distingue a Yonghesuchus de arcosauriformes relacionados como Turfanosuchus. Al igual que en otros arcosauriformes como Turfanosuchus y Euparkeria, el paladar presenta dientes muy pequeños llamados dentículos. Detrás del paladar, el hueso basiesfenoides, que forma la parte dorsal de la caja craneana; es largo y se estrecha hacia el frente. Esta es otra característica distintiva de Yonghesuchus, ya que otros arcosauriformes primitivos tienen huesos basiesfenoides más cortos y anchos. Además, la entrada de la arteria carótida interna, que pasa a través de un agujero en el basiesfenoides para suministrar sangre al cerebro, está en una posición diferente a la de géneros relacionados. Su posición es más similar a la del euparkérido Dorosuchus y a las de arcosauriformes más derivados.[1]
En la mandíbula inferior, el hueso dentario presenta dos proyecciones hacia su extremo posterior, donde se une a la mandíbula, siendo la superior notablemente más larga que la inferior. La proyección alta representa gran parte del margen superior de la fosa mandibular, una abertura a lo largo del costado de la mandíbula. La fosa mandibular es más larga y estrecha que la de los arcosauriformes relacionados, como Turfanosuchus, Euparkeria y Ornithosuchus. En la parte posterior de la mandíbula se encuentra la región retroarticular, que se extiende hacia atrás desde la articulación de la mandíbula; en la superficie dorsal de esta región del hueso articular hay una cresta prominente que no se ve en otros arcosauriformes. Hay una proyección en forma de ala en la parte interna articular, un proceso medial bien demarcado. Este proceso también se observa en crocodilomorfos y rauisuquios esfenosuquios.[1]
Yonghesuchus, como su pariente Turfanosuchus, tiene dientes premaxilares pequeños, comprimidos y recurvados en la parte frontal de la mandíbula superior. Los dientes maxilares son más grandes, más comprimidos y aserrados. Los más grandes son los dientes maxilares cuarto y quinto, los dientes noveno y décimo contando desde la punta del hocico. Los dientes detrás de estos se vuelven progresivamente más pequeños y terminan debajo de la órbita o cuenca ocular.[1]
Las vértebras cervicales son anficelosas, lo que significa que son cóncavas en ambos extremos. Estas vértebras tienen pequeñas costillas similares a las de otros arcosauriformes, incluidos los crocodiliformes.[1]
