Le , elle rejoint la 11e armée en Chine centrale. En , la 39e division participe à la bataille de Zaoyang-Yichang. Le , elle est affectée à la bataille du sud de Henan, effectuant des opérations de ratissage dans l'ouest de Suizhou. Plus tard, elle participe à la troisième bataille de Changsha. Longtemps après, la 39e division occupe des positions défensives à Yichang.
La division est affectée à la 34e armée en . Fin mars-début , elle participe à la bataille de l'ouest du Henan et du nord du Hubei, avançant jusqu'au district de Fancheng et à Xiangyang. Elle rejoint l'armée japonaise du Guandong dans la défense du Mandchoukouo en , et son régiment de reconnaissance (en) et d'autres petites sous-unités sont détachées de la division. Le détachement, augmenté des restes de la 68e division, est utilisé pour former la 132e division. La 39e division arrive au Mandchoukouo le et est affectée à la 30e armée dans l'attente d'une invasion soviétique de la Mandchourie. Employée pour construire des fortifications, la 39e division ne combat pas les Soviétiques jusqu'à la capitulation du Japon le .
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Empire du Japon
Armée impériale japonaise
