En 2008, il est tenu à l'écart du jeu après une commotion cérébrale subie lorsqu'il entre violemment en collision avec David Eckstein, des A's, lors d'un match le à Oakland[4],[5], et ne joue que dans 55 des 162 parties des Blue Jays.
Aaron Hill connaît un début de saison remarquable en 2009 et franchit le plateau des 20 coups de circuit avant la mi-saison, surpassant son sommet personnel de 17 établi en 2007. Il est invité à participer au match des étoiles du baseball majeur, une première sélection pour lui[6]. Invité comme réserviste pour la partie d'étoiles, il entreprend le match comme partant au deuxième but après que le joueur élu à cette position, Dustin Pedroia, ait déclaré forfait pour des raisons familiales. En septembre, il devient le premier joueur de deuxième but de l'histoire des Blue Jays à atteindre le plateau des 100 points produits en une saison[7]. Il termine la saison avec 36 circuits et 108 points produits tout en menant les majeures pour le nombre d'apparitions officielles (682) ou non officielles (734) au bâton. Ses performances offensives lui valent un premier Bâton d'argent à la position de deuxième but dans la Ligue américaine[8].
