À la fin des années 1980, il rejoint l'Afghanistan pour lutter contre les Soviétiques. Au cours de son séjour, il aurait rencontré Oussama Ben Laden. Celui-ci le convainc de fonder un groupe fondamentaliste au Sud des Philippines. Janjalani reçoit 6 millions de dollars pour mener à bien ce projet[3].
De retour aux Philippines en 1990, il projette la création d'Abu Sayyaf et réussit à convaincre plusieurs membres du Front Moro de Libération nationale (MNLF), un groupe armé musulman pour la création d'un État musulman séparatiste à Mindanao, de se joindre à lui[réf.nécessaire]. Depuis 1986, le MNLF négocie avec le gouvernement philippin, mais certains parmi ses membres s'y opposent.
En 1991, Abdurajak Abubakar Janjalani fonde le groupe Abu Sayyaf, également connu sous le nom de Al-Harakat al-Islamiyya, aux visées beaucoup plus extrémistes que le MNLF. Plusieurs parmi ses membres sont d'anciens activistes du MNLF[réf.nécessaire], ayant combattu en Afghanistan. Les opérations du groupe débutent la même année en dynamitant un bateau à Zamboanga, tuant plusieurs missionnaires chrétiens qui se trouvaient à bord.
En 1995, un assaut lancé contre la localité chrétienne d'Ipil sur Mindanao cause la mort d'une cinquantaine de personnes.
Décès
Le , âgé de 35 ans, Abdurajak Abubakar Janjalani est abattu par la police sur l'île de Basilan. À sa mort, il était l'homme le plus recherché aux Philippines. Une récompense de 1,5 million de pesos soit 39 500dollars était offerte pour sa mort ou sa capture[4].
↑ (en) William Larousse, A local Church living for dialogue: Muslim-Christian relations in Mindanao-Sulu, Philippines: 1965-2000, Roma, Pontificia università gregoriana, (ISBN9788876528798, lire en ligne), p.183
