Connu avant son élévation à l'épiscopat comme Père Ze-Libanos Fanta, il est né dans la petite noblesse de la province de Bégemeder.
Il a servi de nombreuses années à la cathédrale de la Sainte-Trinité d'Addis Abeba et a été élevé au rang d'évêque par le patriarche Abuna Takla Haymanot en 1976 dans sa province natale de Bégemeder, en prenant le nom de Merkorios.
Paulos Gebre Yohannes le remplace en devenant le primat de l'Église éthiopienne orthodoxe le . Abuna Merkorios annonce de son exil que son abdication avait été faite sous la contrainte, et qu'il était toujours le patriarche légitime de l'Église d'Éthiopie. Plusieurs évêques le suivirent dans l'exil et formèrent un synode indépendant.
En 2006, Abuna Merkorios vit en exil aux États-Unis.
En , des nouveaux évêques sont ordonnés par Abuna Merkorios. À la suite de ces ordinations, des excommunications sont émises par les deux synodes (Synode à l'intérieur et Synode en exil).
En 2011, WikiLeaks affirme que l'ancien Premier ministre Tamrat Layne souhaitait aider à la réconciliation des deux Églises. Des négociations ont débuté début 2011. Le Synode en exil insistait pour que Merkorios Abuna soit autorisé à reprendre sa place de patriarche, situation que ni le Synode d'Addis-Abeba, ni le gouvernement éthiopien était disposé à envisager.
En , le premier ministre éthiopien Abiy Ahmed, en visite aux États-Unis, annonce un accord entre l’Église orthodoxe officielle, dirigée par le patriarche Abune Mathias, et les communautés chrétiennes de la diaspora fidèles au patriarche Merkorios. L'accord prévoit le retour du patriarche dans son pays où il sera hébergé dans une résidence pour lui, et que désormais l’Église officielle et la diaspora ne formeront plus qu'un seul Synode[2].
