De 1982 à 1987, Sunarko étudie au Lycée Saint-Pierre Canisius de Mertoyudan, au Kabupaten de Magelang. Après y avoir suivi ses études, il est accepté en tant que novice au sein de l'ordre des Frères mineurs. Dans le cadre de sa formation, Sunarko étudie la philosophie au sein de la Faculté de Philosophie de Driyarkara à Jakarta[1]. Il reprendt ses études théologiques à la Faculté pontificale de théologie de Wedabhakti, l'université Sanata Dharma, suite à son année de propédeutique[2].