Le , le général Ahmed Boustila est nommé commandant de la gendarmerie nationale par Abdelaziz Bouteflika, il remplace à ce poste le général major Tayeb Derradji[2].
Sous son commandement, la gendarmerie algérienne est mise en cause dans la gestion des évènements de 2001 en Kabylie, lors du Printemps noir, où 126 manifestants sont tués[3],[4]. De même pour des allégations de tortures sur des jeunes de T'Kout dans les Aurès[1].
Le chef de l'état Abdelaziz Bouteflika le nomme général de corps d'armée en . Puis, après 15 ans à la tête de la Gendarmerie algérienne, Ahmed Boustila est mis à la retraite en . Selon Le Monde, il était, avec le général Toufik, un des derniers Janviéristes au pouvoir. C'est le général major Menad Nouba qui le remplace au poste de commandant de la gendarmerie[6],[7].
Ahmed Boustila meurt de maladie le , à Paris, à l’âge de 74 ans[8]. Il est enterré au cimetière de Ben Aknoun, en présence notamment de l’ancien Premier ministre Abdelmalek Sellal et du frère du président, Saïd Bouteflika[9].
