Abû al-Sabr Yaqûb succède à son père Al-Mutawakkil II en 1497 pendant le règne du sultan mamelouk burjite An-Nâsir Muhammad .
L'État mamelouk entre dans une nouvelle période d'instabilité et approche de sa fin. Les sultans règnent brièvement :
Al-Mustamsik abdique en 1508 en faveur de son fils Al-Mutawakkil III . Le 24 août 1516 , le sultan mamelouk Qânsûh Al-Ghûrî perd la bataille de Marj Dabiq aux environs d’Alep (Syrie ) contre le sultan ottoman Selim Ier . Le calife al-Mutawakkil III y est fait prisonnier et Al-Achraf Qânsûh Al-Ghûrî décède peu après la bataille. Al-Mustamsik est nouveau investi de ses fonctions califales au Caire auprès du nouveau sultan mamelouk Al-Achraf Tuman Bay .
Après avoir conquis la Syrie, Selim Ier s'empare de l'Égypte . Al-Achraf Tuman Bay, dernier sultan mamelouk, est exécuté le 13 avril 1517 par Selim Ier .
Al-Mustamsik est mort en 1521 .