En 1347, on accuse les Juifs d'empoisonner les puits et de propager la peste. En 1349, ceux de Würzburg sont victimes des persécutions, l'évêque aurait condamné ceux de Meiningen au bûcher. Sur le lieu de la synagogue, on bâtit la chapelle Sainte-Marie. La peste revient en 1350, en 1356 et en 1363.
La relation avec le pape Innocent VI est fortement affectée par la dispute autour de Jean Guilaberti. Ce dernier devait succéder à la prébende à Wolfram Schenk von Rossberg mort en 1354, cependant ses agents sont retrouvés noyés dans le Main le . On accuse l'évêque et son entourage. Ils sont convoqués à un procès, mais ne s'y rendent pas. Le cardinal et archevêque de RouenPierre de La Forest est envoyé en Bavière pour mener une enquête. Il est alors harcelé. Le conflit prend fin lorsque le clerc français récupère la prébende. D' à , l'évêque et le chapitre sont suspendus et excommuniés pour d'autres différends. En 1366, le diocèse est fortement endetté et les nombreuses promesses d'Albrecht ne convainquent pas.
