Né sur les bords du mont Lozère, Alphonse Magnien fait des études de lettres au petit séminaire de Chirac, avant de poursuivre l'étude de la philosophie et de la théologie à Orléans. Il est ordonné prêtre en 1862 et devient successivement professeur à Nantes (1864-1865) et Rodez (1866-1869).
C'est en cette année 1869 qu'il part pour les États-Unis, en qualité de professeur à Baltimore, au séminaire Sainte-Marie de Baltimore(en). En 1878, le Dr Dubreul, supérieur du séminaire, décède. C'est Alphonse Magnien qui est appelé à le remplacer.
À partir de 1897, sa santé décline, et il se rend plusieurs fois à Paris pour se faire soigner. Il n'abandonne cependant pas son poste. Il ne démissionne finalement qu'en 1902 et décède à la fin de cette année.
