Andreas Heinemann est membre de la Commission de la concurrence depuis 2011[10]. En , le Conseil fédéral le nomme à la présidence de la Commission de la concurrence, succédant en à Vincent Martenet[2],[3]. Comme son prédécesseur, il conserve ses mandats d'enseignement à Lausanne et Zurich en parallèle de sa présidence[2]. En cette qualité, il est surnommé le «policier de la concurrence» par le Tages-Anzeiger[3]. Certains de ses critiques lui reprochent d'être trop pro-européen dans l'application du droit de la concurrence, dans la mesure où il émet des décisions systématiquement conforme au droit européen; Heinemann se justifie en affirmant ne suivre que la jurisprudence du Tribunal fédéral[3]. Selon ses propres dires à la Weltwoche, l'École de Fribourg, et en particulier Walter Eucken et Franz Böhm, contribuent à former sa vision en économie politique[4].
